2001年，耀县辖11个镇、4个乡：城关镇（驻南街）、柳林镇（驻柳林）、寺沟镇（驻寺沟）、庙湾镇（驻庙湾村）、董家河镇（驻董家河村）、瑶曲镇（驻瑶曲）、孙原镇（驻孙原村）、关庄镇（驻关庄村）、坡头镇（驻坡头村）、照金镇（驻照金村）、小丘镇（驻小丘）；安里乡（驻梁寨河）、石柱乡（驻石柱）、演池乡（驻干桥庙）、阿子乡（驻阿子村）、白瓜乡（驻前咀子）。
2005年，撤销城关镇，设立永安路、天宝路2个街道办事处。
2012年，耀州区下辖7个镇（瑶曲镇、庙湾镇、关庄镇、董家河镇、孙塬镇、小丘镇、照金镇）2个乡（石柱乡、演池乡）3个街道（永安路街道、天宝路街道、锦阳路街道），189个行政村、8个板块型社区（邻德社区、解放社区、南泉社区、崇德社区、东站社区、天宝滩社区、华原社区、塔坡社区）、4个单位型社区（水泥厂社区、西北耐火材料厂社区、下石节煤矿社区、陈家山煤矿社区）。
2012年，石柱乡撤乡设镇，耀州区下辖8个镇（瑶曲镇、庙湾镇、关庄镇、董家河镇、孙塬镇、小丘镇、照金镇、石柱镇），3个街道办事处（永安路街道、天宝路街道、锦阳路街道），1个乡（演池乡），178个行政村，12个社区。
2015年，撤销演池乡，并入石柱镇，在原演池乡设立石柱镇演池便民服务中心。调整后，耀州区辖3个街道（永安路街道、天宝路街道、锦阳路街道），8个镇（董家河镇、孙塬镇、关庄镇、小丘镇、照金镇、瑶曲镇、庙湾镇、石柱镇），12个社区。
2016年镇村综合改革撤并61个行政村后为117个行政村。
