黄龙在商代属旨方。公元前1000多年时，为周人活动地区。秦文公十年（前756），在黄龙三岔东高山附近建鄜畤。春秋至晋桓公二十年属晋。秦王嬴政一统中国，黄龙北属上郡，东南属内史。刘邦立汉设三辅，黄龙属左冯翊。因此，黄龙山在历史上一直被誉为“冯翊屏障”。后历代统治者皆在黄龙驻军垦荒。
黄龙从古代至清前期，尚为繁盛。清光绪三年遭大旱，死人之十之八九，遂荒无人烟。民国二十三年（1934年），设置陕西省黄龙山屯垦局韩城柳沟垦务维持处，从事局部开荒。1937年“七七事变”后，陕西省政府为救济难民，采取以赈代垦的办法，在黄龙成立陕西垦务委员会。后因国内形势突变，大批灾民流入陕西，垦区人口巨增。1939年改称国营陕西黄龙山垦区管理局。后又改为农林部国营陕西黄龙山垦区管理局、陕西省黄龙设治局等。
1947年10月2日，黄龙第一次解放，成立黄龙县，归陕甘宁边区政府黄龙分区辖管。1948年3月1日，闻名的西北大捷——瓦子街战役胜利结束，黄龙县第二次解放，属陕甘宁边区，归延安分区专员公署管辖。1958年，撤销黄龙县，辖地分别划归洛川、宜川、韩城等县。1961年9月15日，恢复黄龙县制至今。
黄龙第二次解放后，共成立10个区，辖65个乡。后经多次变更，至1990年底，全县共辖13个乡镇，111个行政村，831个自然村，其中296个自然村已无人居住。2002年底，经过撤乡建镇，将原砖庙梁乡、小寺庄乡、曹店乡撤销。2011年，经撤乡并镇，撤销界头庙乡、范家卓子乡，合并设立界头庙镇，柏峪乡并入白马滩镇，红石崖乡并入石堡镇，同时设立范家卓子、柏峪、红石崖三个社区服务中心。
目前，黄龙共有5镇2乡3社区，其5镇为：石堡镇、白马滩镇、瓦子街镇、界头庙镇、三岔镇，2乡为：崾崄乡、圪台乡，3社区为界头庙镇范家卓子社区、白马滩镇柏峪社区、石堡镇红石崖社区。
