1、明清区划
明初，编民户为民籍。清涧辖10里：白草一里、白草二里、白草三里、骞儿一里、骞儿二里、苏贴一里、苏贴二里、苏贴三里、绥平一里、绥平二里。后苏贴三里并入苏贴一、二里，计9里。里下设甲，甲辖村。民籍之外，又定卫屯百户为军籍户（兵士及其家属），以120人为1百户，每百户设总旗2名、小旗10名，由指挥使领之。百户名称，以首领名字命名。清涧时有两百户，隶属绥德卫。
清沿用明制，政区基本稳定，乾隆十七年至道光八年（1752～1828）辖9里76甲413村。
白草一里 里址高家村，辖10甲54村。主要村庄有高家村、袁家沟、解家沟、崖头、新关、川口、贺家畔、王宿里、刘家畔、老庄里、贺家沟、龙儿鼻、白家河、辛家沟、郝家河、党家腰、高柳树、王家鼻、倒吊柳等。
白草二里 里址胡朝坪，辖6甲30村。主要村庄为胡朝坪、辛家崖、西山里、黄家畔、南沟里、龙头山、呼家坬、曹家坬和下武村等。
白草三里 里址华严寺，辖10甲51村。主要村庄：华严寺、石盘上、华石畔、界首、上坪里、马灰坪、老鸦关（亦称老鸹[ wa]关）、马家塌、刘家塌、四（惠）塌里、黄家峁、大东山、桐树峁、薛家川、葵子山、西柏山、党家川、党家山、李家川、樊家岔、白家川、宋家山、贺家坬、邓家坬等。
骞儿一里 里址店子沟，辖10甲31村。主要村庄有店子沟、南儿岔、张家圪台、浴口、园子沟、杜家台、马白沟、官道渠、文家坬、苏家塌、薛家楼、苏家渠、高石板、合和浴、郝思沟、崖窑沟、西山里、贺家圪、神树山、枣坪子、吴家沟、陈家圪台、暖泉湾、安乔沟、高家畔、陈家河、胡家圪、李家塌、李家山、大舍窠、长柏沟等。
骞儿二里 里址郝家墕，辖5甲42村。主要村庄为郝家墕、米家、田庄、楼房沟、师家川、康家铺、奥子塌、唐家河、槐朴、[zǐ]坊圪、马连岔、元武山、吕家山、郝家畔、王家山、冯家沟、神嘴儿、高郝家沟、白家原、张家崖儿、慕家河、石嘴驿、王家铺、康家湾、吴家沟、骆驼铺、杨家畔、赵家沟、高山河、武家沟、孙家河、贺家岔、慕家老庄等。
苏贴一里 里址怀宁镇，辖7甲45村。主要村庄：怀宁镇、薛家城、王家沟、张家渠、二郎岔、柳沟儿、乔渠墕、靳家庄、庙沟、谷卜峪、惠家沟、南拓家湾、王家砭、滴水崖等。
苏贴二里 里址老君殿，辖10甲61村。主要村庄有老君殿、黄白梁、兴龙湾、河坪、榆树墕、牛圈坬、上家沟儿、庞家沟、刘家湾、石虎湾、花豹儿渠、马连渠、乔家石峁、铁梨山、南家兴庄、祁家山、乔家墕、苗家坪、封家崖、贺家渠儿、玉皇岔、瓦窑沟等。
绥平一里 里址牛家湾，辖9甲51村。主要村庄为牛家湾、狮子庄、寺则河、麻国岔、石家河、惠家园子、老柳朴、王家寺、鸡山家坬、王家坪、王家沟、小折沟、马家岔、陈家凹[gē]凸、景家渠、马家坪、雁柳沟、宁川堡、李家石碣[kě]、周家圪、薛家渠、麻刺峪、小牛家沟、师家园子、葛家岔、刘家川、崔家沟、八斗岔、鸡家、梁家岔和丁家沟等。
绥平二里 里址营田，辖9甲33村。主要村庄：营田、深家山、贺家坬、曹家沟、董家山、上家山、邓家、回回沟、任家湾、马家山、刘张家山、烽台腰、任家河、鲍家原、大鲍家沟、小鲍家沟、胡家沟、康家圪塔、金家沟、李家沟、白家角、李家石碣、陈家沟、庙沟里、贺家湾、携（惠）家庙儿、李家圪、张家坬、任家坬子、东坬砭、刘家河等。
此外，清雍正七年（1729），绥德卫改拨屯民宋文百户同张勋百户分隶清涧赵家沟、军家屯、阎家沟、姜家寨子、石台寺、官坬、西山坪、石嘴驿、西沟里、慕家河、小慕家沟、潘家沟、上二十里铺、赵家崖腰、朱家原河、徐家沟、梨家湾、下二十里铺和营田19村，俗称屯里。其中宋文百户8村，张勋百户11村。
2、现行区划
截至2011年12月31日，清涧县辖8个镇、4个乡：宽洲镇、石咀驿镇、折家坪镇、玉家河镇、高杰村镇、李家塔镇、店则沟镇、解家沟镇、下廿里铺乡、双庙河乡、老舍窠乡、石盘乡。2011年，撤销二郎山乡并入解家沟镇，撤销郝家墕乡并入石嘴驿镇，撤销乐堂堡乡并入宽州镇。
