1942年设吴起县，因镇为名。相传战国时魏国大将吴起在此驻兵，故名，后改吴旗县。
2005年10月17日，民政部批准（民函[2005]278号）同意吴旗县更名为吴起县。2005年10月18日，陕西省人民政府批准（陕政函[2005]128号）吴旗县更名为吴起县。
2000年，吴旗县辖3个镇、11个乡：吴旗镇、周湾镇、铁边城镇、新寨乡、长城乡、薛岔乡、白豹乡、洛源乡、庙沟乡、长官庙乡、王洼子乡、吴仓堡乡、五谷城乡、楼坊坪乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口112524人，其中各乡镇人口（人）：吴旗镇15247铁边城镇6246周湾镇7743洛源乡19188吴仓堡乡7471新寨乡6358王洼子乡4222庙沟乡6802长官庙乡5695白豹乡7217楼坊坪乡5343薛岔乡6072五谷城乡8673长城乡6247。
